Vers la fin de l'été 1220, Fernand demanda et obtint de quitter les Chanoines réguliers de saint Augustin pour embrasser l'idéal Franciscain. Il n'est pas certain qu'il ait connu personnellement les premiers franciscains aboutis en terre lusitanienne. Certes, il en entendit parler et en subit la fascination.

Surtout lorsque leurs reliques de martyrs, recueillies par les chrétiens, furent déposées dans deux coffrets en argent et portées par l'Enfant Pedro et sa suite jusqu'à Ceuta, de là transportées à Algesiras puis à Séville et finalement transférées à Coimbre, où elles furent déposées dans l'église augustinienne de Sainte-Croix (dans laquelle elles sont encore gardées et vénérées). On parla également de miracles qui augmentèrent la dévotion, et les gestes des martyrs furent mis par écrit. Tout contribua à placer le mouvement franciscain au centre de l'attention de tous les fidèles portugais.

La demande de la part de Fernand de faire partie des disciples de François d'Assise mûrit en prévision d'une forte vocation pour la mission et en particulier, pour le martyre du sang.

Antoine missionnaire

En septembre 1220, Fernand quitte les habits blancs d'augustinien pour revêtir la brute tunique de bure et une corde sur les flancs.

A cette occasion, il abandonne également son prénom de baptême pour prendre celui d'Antoine, l'ermite égyptien titulaire de l'ermitage de Santo Antao dos Olivãis dans lequel vivaient les Franciscains. Après une brève période d'études des règles franciscaines, Antoine part pour le Maroc.

L'itinéraire qu'il poursuit, sur terre et en mer, nous est inconnu. D'après les habitudes franciscaines, Antoine était très probablement accompagné d'un confrère, mais nous en ignorons le nom.

Une fois arrivé dans les territoires du Miramolin, à Marrakech ou dans d'autres localités, il aura été accueilli dans la maison de quelques chrétiens vivant là pour des raisons de commerce ou autres. Voulant s'adresser aux musulmans, le Saint devait connaître couramment la langue arabe, chose assez facile pour un lisbonnais de l'époque, originaire d'une zone bilingue.

Autrement, il pouvait compter sur son compagnon : au moins un des deux devait être expert en arabe.

Antoine ne put donner lieu à son projet de prédication car il fut la proie d'une maladie tropicale, sans plus de précisions sur sa nature. Afin de récupérer au moins en partie la santé, il décida de rentrer dans sa patrie, sans abandonner pour autant son idéal de martyre. Il fut donc contraint de partir du Maroc, reprenant à contre-cœur la voie de la mer.

Mais à cause des violents vents contraires, le bateau fut poussé jusqu'à la lointaine Sicile. Antoine, dont les traditions racontent qu'il débarqua à Milazzo (Messine), était un frère inconnu et étranger, jeune et sans charge de gouvernement, et physiquement éprouvé. Sa convalescence sicilienne dura environ deux mois.

Informé par des confrères siciliens, Antoine quitta la Sicile. Il remonta la péninsule pour prendre partie au chapitre général - dit des Nattes - célébré à Assise du 30 mai au 8 juin 1221. Antoine de Lisbonne, inconnu de tous parce qu'entré depuis quelques mois seulement dans l'Ordre, passa les neuf jours de l'assemblée isolé et solitaire, immergé dans l'observation et dans la réflexion. Il était un des nombreux participants et n'avait rien qui pouvait le distinguer. Au moment du congé, aucun des "ministres" ne le prit avec lui. Lorsque presque tous les conventuels furent partis, Antoine fut remarqué par le frère Gratien, ministre provincial de la Romagne. Quand il sut que le jeune frère était également prêtre, il le pria de le suivre.

Ermite à Monte Paolo

En compagnie de Gratien de Bagnacavallo et d'autres confrères romagnols, Antoine arriva à Monte Paolo en juin 1221.

Il passait ses journées à prier, à méditer et à rendre d'humbles services à ses confrères.

Durant cette période, le Saint put faire mûrir sa vocation franciscaine, approfondir l'expérience missionnaire brusquement interrompue, raviver le devoir ascétique et s'affiner dans la contemplation.

Les thèses les plus accréditées réfèrent que saint Antoine demeura à Monte Paolo jusqu'à la Pentecôte (22 mai) ou, au plus tard, jusqu'en septembre de la même année.

Au début, étant donnée la vision essentiellement sacrale à laquelle était estreint le prêtre, les confrères traitèrent Antoine avec vénération.

Ayant vu que l'un de ses compagnons avait transformé une grotte en cellule solitaire, il lui demanda avec insistance de la lui céder. Le bon frère accéda au désir passionné du jeune Portugais.

Ainsi, tous les matins, après les prières communautaires, Antoine se dépêchait de se rendre dans sa grotte (dévotement conservée encore aujourd'hui) pour vivre seul avec Dieu, dans des rigueurs de pénitence et de prière intime, dans des lectures prolongées de la Bible et des réflexions. Aux heures canoniques et pour les repas, il rejoignait ses confrères.

Durant son dévouement fervent à la pénitence, il épuisa tellement sa santé fragile à jeûner, puis avec les veilles et la flagellation, que plus d'une fois, au son de la cloche qui l'appelait pour les réunions, il vacillait et serait tombé s'il n'avait pas été soutenu par ses confrères prévenants.

Antoine se rendit compte que ses frères d'idéal associaient la prière avec le service réciproque. Mais lui, quelle contribution pouvait-il apporter? Il en parla avec le gardien (le supérieur des Frères). Ils conclurent qu'il aurait lavé la pauvre vaisselle et balayé la maison.