Un autre transfert eut lieu très certainement le 14 juin 1310 lorsque la nouvelle chapelle dédiée au Saint fut achevée, à l'extrême gauche du transept, et les dépouilles sacrées y furent solennellement transportées.

Le 14 février 1350, le cardinal Guy de Boulogne vint à Padoue pour accomplir un vœu envers le Saint (il fut guéri de la peste noire) et pour donner un précieux reliquaire dans lequel fut déposé le menton (ou plutôt la mâchoire) du Saint. Depuis ce jour, plus aucune violation de l'Arche ne fut effectuée jusqu'en 1981.