Saint Antoine fut enterré à Padoue dans la petite église Sainte-Marie-Mater-Domini, refuge spirituel du Saint durant les périodes d'intense activité apostolique, le mardi 17 juin 1231. Au terme de la célébration des funérailles, le corps du Saint fut enterré dans la petite église du couvent franciscain de la ville. Son cercueil ne fut pas complètement enseveli mais légèrement surélevé, de façon à ce que les dévots, de plus en plus fréquents et nombreux, puissent en toucher l'arche.

La reconnaissance et le transfert les plus importants eurent lieu le 8 avril 1263 lorsque, une fois achevée l'une des phases décisives de la construction de la nouvelle église, on y transféra le corps vénéré.

Saint Bonaventure de Bagnoregio, à l'époque supérieur général des franciscains, présida la cérémonie.

Durant l'examen des dépouilles sacrées, qui furent ensuite disposées dans une caisse en bois neuve, on se rendit compte que la langue du Saint était demeurée intacte.

Suite à cette découverte, Bonaventure s'exclama : "Ô langue bénie, qui a toujours béni le Seigneur et l'a fait bénir par les autres, à présent se manifestent à tous les grands mérites que tu as acquis auprès de Dieu".

En cette occasion, l'arche contenant les dépouilles mortelles du Saint fut probablement placée au centre du transept, sous l'actuelle coupole conique (dite de l'Ange), devant le presbytère.