Chez François, on ne trouve jamais un seul mot de contestation, de critique ou de reproche envers les hommes d'église. En eux "il voit le Fils de Dieu" et c'est tout ! C'est cet amour filial envers l'Eglise qu'il veut chez ses frères

Sous cet aspect également, Antoine est "franciscain". Il aime l'Eglise et se met totalement à sa disposition. Pour lui, l'Eglise est la famille en laquelle les croyants ont vie : "Celui qui veut posséder Dieu et trouver la voie sûre de l'intimité avec Lui doit rester dans sa famille et avoir une vie de famille, car en elle les relations avec le père céleste et avec les frères se réalisent dans la foi et dans l'amour". Cet amour pour l'Eglise presse dans le cœur du Saint et le pousse aux fatigues de l'évangélisation.

Cependant, il vit cet amour avec son propre tempérament et si chez François celui-ci s'exprime en tant que vénération filiale soumise à la hiérarchie, il devient chez Antoine un reproche fort et choquant. Le Saint n'épargne pas les paroles dures et incisives aux hommes d'église qui ne représentent pas dignement Jésus-Christ, que ce soient des simples prêtres et des religieux ou des évêques et des cardinaux : "Les sentinelles de l'Eglise sont toutes aveugles, privées de la lumière de la vie et de la science, et des chiens muets, incapables d'aboyer. Elles vendent des fantômes puisqu'elles prêchent pour de l'argent… Archevêques, évêques et prélats de l'Eglise vont et viennent, achètent, vendent et revendent la vérité avec des mensonges et oppriment la justice avec des simonies… La famille des fidèles se sépare de la stabilité de la foi et de la sainteté de la vie à cause de l'exemple des mauvais prélats…".

C'est l'amour pour l'Eglise et le zèle pour le salut des frères qui mettent sur les lèvres d'Antoine des paroles de feu qui brûlent et incisent à vif, provoquant souvent la conversion et le repentir, et faisant de lui le prophète franc et libre. Le cœur d'Antoine pulse à l'unisson avec celui de Jésus et l'amertume du Seigneur face à la dureté de cœur des pharisiens est la même que la sienne : "Hélas, si un âne tombe aujourd'hui, quelqu'un le relève ; si une âme périt, personne ne lui vient en aide!"