Antoine le théologien, redevable à saint Augustin dans la pensée, mais très personnel et original, sait réunir la lumière de l'intelligence et l'affection du cœur, la recherche de la spéculation avec l'exercice de la vertu, l'étude avec la prière, comme l'entendait son Père séraphique.

Cette méthode, introduite aussi sagement dans les écoles du saint, sera reconnue plus tard par saint Bonaventure comme étant propre à l'Ordre Franciscain.

La vérité une fois atteinte grâce à la foi, Antoine, sur les traces d'Augustin et d'Anselme, implique sans cesse la raison pour "comprendre", pour recueillir la vérité embrassée et aimée, grâce au don de la foi (fides quaerens intellectum). Pour le saint, croire n'est pas un abandon du nirvana mais l'acceptation d'un dialogue dialectique continu entre la foi et la raison, entre l'homme et Dieu.

Antoine le théologien reste l'Antoine de la profonde exigence rationnelle, mais est également l'Antoine meilleur. D'un côté, l'exigence d'une rationalité logique s'ouvre à la pure gratuité de la grâce qui révèle et sauve l'homme ; de l'autre, la rationalité d'Antoine s'exprime par l'enthousiasme, l'admiration, l'émotion, selon la plus authentique tradition de la théologie monastique et de saint Bernard.
La spéculation mystique antonienne est, comme la définit ce dernier, une conversation ou spéculation subtile au-dessus des vérités célestes, traduites en désir et aspiration de Dieu ; l'acte qui permet au juste de s'élever vers l'horizon de la réalité de Dieu. Un Dieu qui n'est pas celui philosophique mais le Dieu de l'histoire réelle de l'homme, suspendu entre le péché et la grâce, entre le salut et la perdition, entre la haine et l'amour ; mais dans laquelle la grâce, le salut et l'amour sont la réalité qui compte et qui a réellement du poids.

Antoine aimait méditer sur Dieu, non pour un exercice purement intellectuel. En atteste le cri "Video Dominum meum" qui mettait une sorte de sceau à toute sa vie. Dieu est l'idéal vers lequel était tendue toute sa vie.